Hoja de vida

Nombre Juan Manuel Pedraza Leal
Nombre en citaciones PEDRAZA LEAL, JUAN MANUEL
Nacionalidad Colombiana
Sexo Masculino

Formación Académica

  •  
  • Postdoctorado/Estancia postdoctoral Harvard Medical School
    Biologia de Sistemas
    Marzode2006 - Juliode 2010
  •  
  • Doctorado MIT - Massachusetts Institute of Technology
    Doctorado en Física
    Septiembrede2000 - Juniode 2006
    Estocasticidad en circuitos genéticos
  •  
  • Pregrado/Universitario UNIVERSIDAD DE LOS ANDES
    Matemáticas
    Agostode1995 - Septiembrede 2000
    Modelos estocásticos de Transporte en sistemas hamiltonianos
  •  
  • Pregrado/Universitario UNIVERSIDAD DE LOS ANDES
    Física
    Agostode1993 - Marzode 2000
    Difusión en sistemas caóticos Hamiltonianos

    Experiencia profesional

  •  
  • UNIVERSIDAD DE LOS ANDES
    Dedicación: 60 horas Semanales Enero de 2010 de Actual

    Actividades de administración
    -  Director de unidad - Cargo: Director de Post-grado en Física Enero de 2014 Enero de
    Actividades de docencia
    -   Pregrado - Nombre del curso:  Biologia sintetica, 0 Enero 2010
    -   Postgrado - Nombre del curso:  Biología de sistemas Biología sintética Física 1, 150 Enero 2010
    -   Pregrado - Nombre del curso:  Biología de sistemas, 0 Enero 2010
    Actividades de investigación
    -   Investigación y Desarrollo - Titulo:  Biología de Sistemas Enero 2010

    Áreas de actuación

  •  Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica
  •  Ciencias Naturales -- Ciencias Físicas -- Física atómica, Molecular y Química
  •  Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biología Celular y Microbiología
  •  Ingeniería y Tecnología -- Ingeniería Médica -- Ingeniería Médica
  • Idiomas

      Habla Escribe Lee Entiende
  •  Inglés
  • Bueno Bueno Bueno Bueno
  •  Alemán
  • Bueno Bueno Bueno Bueno
  •  Italiano
  • Bueno Bueno Bueno Bueno
  •  Francés
  • Aceptable Deficiente Bueno Aceptable

    Líneas de investigación

  •  Biofísica, Activa:Si
  •  Biología de sistemas, Activa:Si
  • Reconocimientos

  • Beca Dr. Bessie F. Lawrence Summer Science Institute,Weizman Institute of Science - Mayode 1993
  • Premio Martin Deutsch a la excelencia en Física Experimental,MIT - Massachusetts Institute of Technology - Febrerode 2005
  • Premio Alejandro Ángel Escobar en Ciencias Exactas, Físicas y Naturales,Fundación Alejandro Ángel Escobar - Octubrede 2008
  • Beca Lester Wolfe,MIT - Massachusetts Institute of Technology - Agostode 2001
  • Beca 40 años,UNIVERSIDAD DE LOS ANDES - Agostode 2000
  •  
    Los ítems de producción con la marca corresponden a productos avalados y validados para la última Convocatoria Nacional para el Reconocimiento y Medición de Grupos de Investigación, Desarrollo Tecnológico o de Innovación y para el Reconocimiento de Investigadores del SNCTeI

    Trabajos dirigidos/tutorías

  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Regulating lead bioremediation-related genes through a construct design  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Ciencias Biologícas  ,2015,  . Persona orientada: Manuela Vanegas  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Respuesta en fitness a cambios de un medio ambiente oscilante en el sistema GAL de Saccharomyces cerevisiae  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Física  ,2015,  . Persona orientada: Juan David Estupiñan  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, SILVIA RESTREPO RESTREPO, The phenomenon of persistence in E. coli in response to thermal shock  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Ciencias Biologícas  ,2015,  . Persona orientada: Lina Contreras  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, SILVIA RESTREPO RESTREPO, Computational modeling of the compatible interaction between potato and Phytophthora infestans reveals the involvement of the Halliwell-Asada pathway in the photosynhesis shutdown  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Ciencias Biologícas  ,2010,  . Persona orientada: Jorge Alejandro López Tamayo   , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Random switching as an adaptive strategy in changing environments   UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Física  ,2012,  . Persona orientada: REGINO ARDILA LEONARDO RAFAEL  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, CHAD LEIDY NA, Yeast GAL network bistability and noise  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Ciencias Biologícas  ,2006,  . Persona orientada: Maier Avendaño  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Construcción de sistemas osciladores en bacterias y caracterización de casos de sincronización  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Física  ,2012,  . Persona orientada: OLARTE PLATA. JUAN DAVID  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Evolución de la cooperación y especialización en poblaciones con estructura espacial  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Física  ,2012,  . Persona orientada: PARDO BERNAL DAVID  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Information and fitness in changing environments  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Física  ,2014,  . Persona orientada: David Alejandro Garcia Grisales  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Planteamiento de la solución del problema de coloreo de Grafos usando un computador biológico  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Física  ,2012,  . Persona orientada: CRUZ LEON SEGIO NACIANCENO  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, CHAD LEIDY NA, Stability and noise effects on gene regulatory circuits  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Física  ,2005,  . Persona orientada: Jorge Eliecer Ramos M  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Evolución de la cooperación y especialización en poblaciones con estructura especial  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2010,  . Persona orientada: David Pardo Bernal   , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Effects of Gene Expression Noise on Phenotype and cooperate-defect Fitness  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Física  ,2010,  . Persona orientada: Luis Alejandro Maecha  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Modelamiento estocástico de la expresión genética de células en crecimeinto  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis en curso  fisica  ,2013,  . Persona orientada: David Camilo Duran Chaparro  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, SILVIA RESTREPO RESTREPO, SILVIA RESTREPO RESTREPO, Compressive analysis of persistence in Escherichia coli: An omics approach  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  Ciencias Biologícas  ,2011,  . Persona orientada: Silvia Cañas  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Tesis de doctorado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Noise Modeling in Cells growing in different Media  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis en curso  FISICA  ,2011,  . Persona orientada: Juan Carlos Arias  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Tesis de doctorado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, ANDREA ALESSANDRINI, Activity of an alpha-helical antimicrobial peptide on different model membranes studied with biophysical techniques  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2010,  . Persona orientada: Nathaly Melina Marin Medina  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Analysis of the evolution of human cooperation using evolutionary game theory  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2013,  . Persona orientada: Oscar Orlando Ortega  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Stochastic models of genetic circuits  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2016,  . Persona orientada: Luis Alberto Gutiérrez López  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Gene expression and directed information  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2014,  . Persona orientada: Muriel Felipe Pérez Ortiz  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Estadísticas y Ruido Intrínseco de la Expresión Genética  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2016,  . Persona orientada: Roberto Morán Tovar  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Soluciones analíticas a sistemas de expresión de genes con feedback negativo  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2016,  . Persona orientada: Juan Carlos Linares Rugeles  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Optimización de respuestas biológicas en la transcripción de genes  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2014,  . Persona orientada: Juan José Restrepo Bernal  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Stochastic Models on Persistence  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  Estado: Tesis concluida  FISICA  ,2016,  . Persona orientada: Valentina Quiroga Fonseca  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
     

    Jurado en comités de evaluación

  • Datos complementarios - Jurado/Comisiones evaluadoras de trabajo de grado - Maestría
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Titulo: Effect of the state of aggregation of rhodopsin on G protein activation kinetics in phototransduction Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  programa académico FISICA  Nombre del orientado: Chad Leidy  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Datos complementarios - Jurado/Comisiones evaluadoras de trabajo de grado - Pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Titulo: Modulación del comportamiento termodinámico de la membrana de Bacillus subtilis por la actividad de la enzima Desaturasa -5 des. Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  programa académico FISICA  Nombre del orientado: Chad Leidy  
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Datos complementarios - Jurado/Comisiones evaluadoras de trabajo de grado - Maestría
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Titulo: Cooperatividad y correlaciones en la regulación de canales iónicos de macrófagos Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  programa académico FISICA  Nombre del orientado: Chad Leidy  
  • Datos complementarios - Jurado/Comisiones evaluadoras de trabajo de grado - Pregrado
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Titulo: Análisis desde la teoría de información del fenómeno de propagación superlumínica Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD DE LOS ANDES  programa académico FISICA  Nombre del orientado: Alonso Botero  

    Eventos científicos

    1 Nombre del evento: 53th Annual Biophysical Society Meeting, Boston MA  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Internacional  Realizado el:2009-02-28 00:00:00.0,  2009-03-04 00:00:00.0   en Boston   - Boston  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Feedback control of fluctuations in gene expression and epigenetic memor Tipo de producto:Demás trabajos - Demás trabajos - Póster
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD DE LOS ANDES Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: CHAD LEIDY NA Rol en el evento: Asistente
    • Nombre: JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL Rol en el evento: Asistente , Ponente
    • Nombre: MAIER STEVE AVENDANO AMADO Rol en el evento: Ponente
    2 Nombre del evento: 54th Annual Biophysical Society Meeting  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Internacional  Realizado el:2010-02-20 00:00:00.0,  2010-02-24 00:00:00.0   en Córdoba   - San Francisco, California  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Tuning the range and stability of multiple phenotypic states with coupled positive-negative feedback loops Tipo de producto:Demás trabajos - Demás trabajos - Póster
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD DE LOS ANDES Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: CHAD LEIDY NA Rol en el evento: Asistente
    • Nombre: JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL Rol en el evento: Asistente
    • Nombre: MAIER STEVE AVENDANO AMADO Rol en el evento: Ponente
    3 Nombre del evento: International workshop: ¿Stochastic processes with applications in the natural sciences¿  Tipo de evento: Otro  Ámbito: Nacional  Realizado el:2016-12-05 00:00:00.0,  2016-12-09 00:00:00.0   en MANIZALES   - Universidad de los Andes  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Noise in Biological Circuits Tipo de producto:Producción técnica - Presentación de trabajo - Ponencia
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD DE LOS ANDES Tipo de vinculaciónGestionadora
    Participantes
    • Nombre: JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL Rol en el evento: Ponente
    4 Nombre del evento: 1st Latin-American Workshop and Conference on Systems Biology  Tipo de evento: Taller  Ámbito: Internacional  Realizado el:2017-05-02 00:00:00.0,  2017-05-05 00:00:00.0   en México D.F.   - CINVESTAV, Unidad Zacatenco, Av. Instituto Politécnico Nacional 2508  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:How much does a cell know about its environment? Tipo de producto:Producción técnica - Presentación de trabajo - Ponencia
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD DE LOS ANDES Tipo de vinculaciónGestionadora
    Participantes
    • Nombre: JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL Rol en el evento: Organizador , Ponente
    5 Nombre del evento: 4th ICBE - International Conference on Biomolecular Engineering  Tipo de evento: Encuentro  Ámbito: Nacional  Realizado el:2013-01-13 00:00:00.0,  2013-01-16 00:00:00.0   en Florida   - Hyatt Regency Pier 66, Fort Lauderdale, FL  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Synthetic biology approach for bacterial GMOs population control; Bacterial ¿Alarm Clock¿ based on Toxin-Antitoxin (TA) stimuli-dependent differential induction Tipo de producto:Producción técnica - Presentación de trabajo - Ponencia
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD DE LOS ANDES Tipo de vinculaciónGestionadora
    Participantes
    • Nombre: JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL Rol en el evento: Ponente
    • Nombre: SILVIA CANAS Rol en el evento: Ponente
    • Nombre: SILVIA RESTREPO RESTREPO Rol en el evento: Ponente

    Artículos

  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • JR CHABOT, JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, P LUITEL, ALEXANDER VAN OUDENAARDEN, "Stochastic gene expression out-of-steady-state in the cyanobacterial circadian clock" . En: Estados Unidos 
    Nature  ISSN: 0028-0836  ed: Nature Publishing Group
    v.450 fasc.1 p.1249 - 1252 ,2007,  DOI: 10.1038/nature06395
    Palabras:
    Estocacidad, Expresión genetica,
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • SILVIA CANAS, JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, SILVIA RESTREPO RESTREPO, "Novel Protocol for Persister Cells Isolation" . En: Estados Unidos 
    PLoS ONE  ISSN: 1932-6203  ed: Public Library of Science
    v.9 fasc.2 p.e88660 - e88660 ,2014,  DOI: 10.1371/journal.pone.0088660
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • MAIER S AVENDANO, CHAD LEIDY NA, JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, "Tuning the range and stability of multiple phenotypic states with coupled positive-negative feedback loops." . En: Inglaterra 
    Nature Communications  ISSN: 2041-1723  ed: Nature Publishing Group
    v.4 fasc.2605 p.1 - 8 ,2013,  DOI: 10.1038/ncomms3605
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, JOHAN PAULSSON, "Building a morbidostat: an automated continuous-culture device for studying bacterial drug resistance under dynamically sustained drug inhibition." . En: Estados Unidos 
    Nature Protocols  ISSN: 1754-2189  ed: Nature Publishing Group
    v.8 fasc.3 p.555 - 567 ,2013,  DOI: 0.1038/nprot.nprot.2013.021.
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • PHILIPPE BINDER, JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, S GARZON, "An invertibility paradox" . En: Estados Unidos 
    American Journal of Physics  ISSN: 0002-9505  ed: American Association of Physics Teachers
    v.67 fasc.12 p.1091 - 1093 ,1999,  DOI: 10.1119/1.19087
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, JOHAN PAULSSON, "Random timing in signaling cascades" . En: Estados Unidos 
    Molecular Systems Biology  ISSN: 1744-4292  ed: Wiley-VCH Verlag Berlin GmbH
    v.3 fasc.81 p.1 - 3 ,2007,  DOI: 10.1038/msb4100121
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • PHILIPPE BINDER, JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, "Non regular languages in the kicked rotor" . En: Estados Unidos 
    American Journal of Physics  ISSN: 0002-9505  ed: American Association of Physics Teachers
    v.67 fasc.5 p.5883 - 5886 ,2000,  DOI: 10.1103/PhysRevE.62.R5883
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, ALEXANDER VAN OUDENAARDEN, "Noise propagation in gene networks" . En: Estados Unidos 
    Science  ISSN: 0036-8075  ed: American Association for the Advancement of Science
    v.307 fasc.1 p.1965 - 1969 ,2005,  DOI: 10.1126/science.1109090
    Palabras:
    Gene networks,
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, JEROME T METTETAL, DALE MUZZEY, ERTUGRUL M OZBUDAK, ALEXANDER VAN OUDENAARDEN, "Predicting stochastic gene expression dynamics in single cells" . En: Estados Unidos 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  ISSN: 0027-8424  ed: National Academy of Sciences
    v.103 fasc.1 p.7304 - 7309 ,2006,  DOI: 10.1073/pnas.0509874103
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, JOHAN PAULSSON, "Effects of molecular memory and bursting on fluctuations in gene expression" . En: Estados Unidos 
    The Sciences  ISSN: 0036-861X  ed: New York Academy of Sciences
    v.319 fasc.1 p.339 - 343 ,2008,  DOI: 10.1126/science.1144331
    Palabras:
    Expresión genetica, Memoria molecular,
  • Producción bibliográfica - Artículo - Revisión (Survey)
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, "Noise, Information and Fitness in Changing Environments" . En: Suiza 
    Frontiers in Physics  ISSN: 2296-424X  ed: Frontiers Media S.A.
    v.6 fasc.n/a p.1 - 83 ,2018,  DOI: 10.3389/fphy.2018.00083

    Capitulos de libro

  • Tipo: Capítulo de libro
    JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, Tipo: Capítulo de libro
    ALEXANDER VAN OUDENAARDEN, "Noise in gene regulatory networks" Complex Systems Science In Biomedicine . En: Estados Unidos  ISBN: 978-0-387-30241-6  ed: Springer , v. , p.211 - 226  2006 ,2006
    Palabras:
    Expresión genetica, Gene networks,
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,
  • Textos en publicaciones no científicas

  • Producción bibliográfica - Otro artículo publicado - Revista de divulgación
  • JUAN MANUEL PEDRAZA LEAL, MANU FORERO SHELTON, "Premios Nobel de Ciencias 2014" En: Colombia. 2014. Hipotesis. Apuntes Cientificos Uniandinos (Online). ISSN: 1794-354X p.19 - 20 v.17
    Palabras:
    Premios Nobel, Ciencias,
    Areas:
    Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica,

    Proyectos

    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Medición, modelaje y consecuencias adaptativas de la variabilidad fenotípica
    Inicio: Enero  2018 Duración 
    Resumen

    El funcionamiento de las células está determinado por complejas interacciones entre genes y entre estos y el medio ambiente. Debido a la estocasticidad intrínseca a estos circuitos genéticos los niveles de proteínas y mRNAs fluctúan y esto resulta en distribuciones de fenotipos incluso en poblaciones genéticamente idénticas [1,2]. Si bien hay muchos avances en entender cómo esta estocasticidad (o ruido) surge de las propiedades químicas de los circuitos genéticos [1,2,3,4], aún no se sabe cómo la variabilidad en el crecimiento celular y la adaptación a medios cambiantes influencian este ruido, aunque nuestros datos indican que sí lo hacen. Por esto pretendemos obtener medidas precisas de la expresión genética, la tasa de crecimiento y el tamaño de células individuales, simultáneamente, para poblaciones enteras de microorganismos. A largo plazo, estas mediciones permitirán construir modelos que incorporen estos factores fundamentales a la hora de describir el comportamiento de los circuitos genéticos en condiciones más realistas que los medios ambientes casi constantes de un laboratorio. Por otro lado, en términos de fitness (aptitud) existe un estado fenotípico óptimo (o un conjunto dinámico de ellos) para cada medio ambiente, pero la célula no tiene información perfecta sobre dicho estado ni puede, por el ruido ya mencionado, mantenerse indefinidamente en un estado específico [5,6,7]. Esto resulta en un problema de optimización bajo ruido e información incompleta que puede ser abordado con los métodos de la teoría de la información, y dado que es un problema a resolver por la evolución, es factible estudiarlo usando evolución experimental en microorganismos [8]. Esto requiere tanto el desarrollo de métodos teóricos para definir adecuadamente el problema de optimización como de métodos experimentales para el crecimiento de poblaciones en condiciones cambiantes durante muchas generaciones. La variabilidad fenotípica antes mencionada es una estrategia importante de supervivencia bacteriana [6,9]. En particular es de gran importancia médica [10] el fenómeno de persistencia, en el cual una pequeña fracción de una población detiene su crecimiento y entra en un estado transitorio de multitolerancia a antibióticos y otros insultos. Este fenómeno ejemplifica los dos problemas mencionados anteriormente, ya que las transiciones a este estado dependen fundamentalmente del ruido en la expresión genética pero las tasas de transición dependen del genotipo y del medio ambiente. Entender los detalles del circuito que controla este fenómeno, y en particular como se controlan las tasas de transición, serviría de base para proponer nuevos tratamientos para prevenir infecciones crónicas. Desafortunadamente, sólo se conocen algunos de los componentes del circuito, y sólo en una de las cepas mutantes de alta persistencia se encuentra identificada y comprobada la mutación relevante. Esto plantea tres retos: la identificación de dichas mutaciones, su transferencia a un background genético conocido, y la determinación de los genes involucrados en los circuitos de persistencia. Trabajo previo de genómica y transcriptómica nos ha permitido determinar un gen candidato a explicar la alta persistencia del mutante hipQ, pero falta comprobar sus mecanismos. Adicionalmente, el modelaje matemático de esos circuitos nos permitiría entender su comportamiento estocástico, lo que proveería posibles estrategias para modificar su comportamiento.

    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Determinación de estados de persistencia en biopelículas usando SPIM.
    Inicio: Julio  2013 Duración 
    Resumen


    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Modelamiento Estocástico de la Expresión Genética de Células en Crecimiento
    Inicio: Febrero  2013 Fin: Febrero  2014 Duración 
    Resumen


    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Efecto de la activación de mecanismos de respuesta a estrés en Escherichia coli K12 sobre el fenómeno de persistencia
    Inicio: Enero  2012 Fin: Junio  2012 Duración 
    Resumen


    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Stochasticity and growth effects on bacterial persistence.
    Inicio: Marzo  2011 Fin: Marzo  2014 Duración 
    Resumen


    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Selección de grupo como un mecanismo de evolución de la cooperatividad
    Inicio: Enero  2012 Fin: Junio  2012 Duración 
    Resumen


    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Ruido en la expresión genética debido al crecimiento celular
    Inicio: Enero  2012 Fin: Junio  2013 Duración 
    Resumen