Hoja de vida

Par evaluador reconocido por Colciencias.
Categoría Investigador Junior (IJ) (con vigencia hasta 2019-12-05 00:00:00.0) - Convocatoria 781 de 2017
Nombre Nydia Paola Rondón Villarreal
Nombre en citaciones RONDÓN VILLARREAL, NYDIA PAOLA
Nacionalidad Colombiana
Sexo Femenino

Formación Académica

  •  
  • Doctorado UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER
    Doctorado en Ingeniería (Ing.Eléctrica, Electrónica y Gestión & Desarrollo)
    Febrerode2011 - Septiembrede 2016
    Design and Classification of antimicrobial and antibacterial peptides
  •  
  • Maestría/Magister UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER
    Maestria en Ingeniería de Sistemas e Informática
    Octubrede2008 - Mayode 2011
  •  
  • Pregrado/Universitario UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER
    Ingeniería de Sistemas
    Agostode2003 - Septiembrede 2008
    Diseño e Implementación de una Herramienta Software para el Procesamiento y Análisis de Señales Electrooculográficas, Electrocardiográficas y Electroencefalográficas Obtenidas Durante la Aplicación de Pruebas de Stroop

    Experiencia profesional

  •  
  • UNIVERSIDAD DE SANTANDER
    Dedicación: 40 horas Semanales Enero de 2017 de

  •  
  • UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER
    Dedicación: 40 horas Semanales Octubre de 2008 Septiembre de 2016

    Actividades de docencia
    -   Pregrado - Nombre del curso:  Programación Orientada a Objetos, 18 Abril 2010
    -   Pregrado - Nombre del curso:  Programación Orientada a Objetos, 23 Noviembre 2009 Marzo 2010
    -   Pregrado - Nombre del curso:  Programación Orientada a Objetos, 20 Abril 2009 Septiembre 2009
    -   Pregrado - Nombre del curso:  Programación de Computadores II, 0 Octubre 2008
    Actividades de investigación
    -   Investigación y Desarrollo - Titulo:  Docking Molecular Directo Entre Proteína y Ligando Flexible Utilizando Técnicas de Inteligencia Artificial Octubre 2008 Marzo 2011

    Áreas de actuación

  •  Ingeniería y Tecnología -- Ingenierías Eléctrica, Electrónica e Informática -- Ingeniería Eléctrica y Electrónica
  •  Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Biotecnología Relacionada con la Salud
  •  Ciencias Naturales -- Computación y Ciencias de la Información -- Ciencias de la Información y Bioinformática
  • Idiomas

      Habla Escribe Lee Entiende
  •  Inglés
  • Bueno Bueno Bueno Bueno
  •  Español
  • Bueno Bueno Bueno Bueno

    Líneas de investigación

  •  Reconocimiento de patrones, Activa:Si
  •  Bioinformática, Activa:Si
  •  Diseño de medicamentos, Activa:Si
  • Reconocimientos

  • Reconocimiento desempeño en investigación,UNIVERSIDAD DE SANTANDER - Abrilde 2018
  • Beca de Doctorado Generación Bicentenario de COLCIENCIAS - Convocatoria 511 de 2010 ,Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación, Colciencias - Enerode 2011
  • Reconocimiento a la labor investigativa de los profesores con proyectos de investigación de mayor alcance de la Universidad de Santander,UNIVERSIDAD DE SANTANDER - Mayode 2018
  • Primer puesto Falling Walls Lab Bucaramanga,Falling Walls Foundation - Mayode 2015
  • Mejor profesora cátedra - Facultad de Ingenierías Físico-Mecánicas,UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER - Mayode 2015
  • Estudiante Distinguido Primer semestre 2004, Segundo 2004, Primero 2005, Segundo 2005, Primero 2006, Segundo 2006 ,UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER - Enerode 2006
  • Best poster presentation award in computer aided drug design and docking simulations,International Society for Computational Biology - Marzode 2012
  • Distinción Cum Laude,UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER - Septiembrede 2008
  •  
    Los ítems de producción con la marca corresponden a productos avalados y validados para la última Convocatoria Nacional para el Reconocimiento y Medición de Grupos de Investigación, Desarrollo Tecnológico o de Innovación y para el Reconocimiento de Investigadores del SNCTeI

    Trabajos dirigidos/tutorías

  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Sistema de clasificación de péptidos antibacterianos utilizando máquinas de soporte vectorial  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Ingeniería de Sistemas  ,2012,  . Persona orientada: Francy Liliana Camacho  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • RODRIGO TORRES, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Análisis del potencial de disrupción de membranas y estabilidad de péptidos catiónicos antimicrobianos por simulaciones de dinámica molecular  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Biología  ,2013,  . Persona orientada: Daniel Camilo Osorio Hurtado  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Creación de un ensamble de clasificadores para el manejo del desbalanceo de datos en procesos de clasificación de péptidos  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Maestría en Ingeniería Electrónica  ,2013,  . Persona orientada: Carlos Mauricio Lastre Dominguez  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  
    Areas:
    Ingeniería y Tecnología -- Ingenierías Eléctrica, Electrónica e Informática -- Ingeniería Eléctrica y Electrónica,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajos de grado de pregrado
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Análisis Y Diseño De Técnicas De Procesamiento Digital De Imágenes Basado En Color E Implementadas En Un Sistema De Reconocimiento Facial  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Ingeniería de Sistemas  ,2010,  . Persona orientada: Beatriz Omaira Pedraza Pico  , Dirigió como: Coturor/asesor,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Identificación de moléculas naturales con potencial actividad antibacteriana, contra bacterias gram positivas, a través del análisis in silico de propiedades fisicoquímicas de dos librerías de compañías químicas  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  Estado: Tesis concluida  Maestría en Investigación en Enfermedades Infecciosas  ,2017,  . Persona orientada: Frank Leandro Cortes Gómez  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
    Areas:
    Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -- Enfermedades Infecciosas, Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Biotecnología Relacionada con la Salud,
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Selección de un blanco apropiado para el diseño de compuestos antibacterianos y posterior filtrado computacional de moléculas que interactúen con dicho blanco  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  Estado: Tesis en curso  Maestría en Investigación en Enfermedades Infecciosas  ,2018,  . Persona orientada: Claudia Patricia Hurtado González  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
  • Trabajos dirigidos/Tutorías - Trabajo de grado de maestría o especialidad clínica
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Optimización del proceso de distribución urbana de envíos en el área metropolitana de Bucaramanga mediante el uso de TICs con el fin de mejorar la satisfacción del cliente - Caso de estudio: Servicios Postales Nacionales S.A. Regional Oriente  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  Estado: Tesis en curso  Maestría en Gestión de Ciencia, Tecnología e Innovación  ,2017,  . Persona orientada: Juan Sebastián González Camargo  , Dirigió como: Tutor principal,  meses  
     

    Jurado en comités de evaluación

  • Datos complementarios - Jurado/Comisiones evaluadoras de trabajo de grado - Pregrado
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Titulo: Desarrollo de material didáctico para la asignatura arquitectura de computadores basado en la plataforma SIE: estructura y funcionamiento del procesador Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER  programa académico Ingeniería Electrónica  Nombre del orientado: Pedro Abel Vargas Prieto  
  • Datos complementarios - Jurado/Comisiones evaluadoras de trabajo de grado - Maestría
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Titulo: Estrategia para mejorar la efectividad de la gestión de beneficios administrativos y judiciales de la población reclusa de la penitenciaria de Girón mediante el uso de una plataforma web Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  programa académico Maestría en Gestión Pública y Gobierno  Nombre del orientado: Jorge Alirio Barrera Nossa  
  • Datos complementarios - Jurado/Comisiones evaluadoras de trabajo de grado - Maestría
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Titulo: Desarrollo de un programa para aumentar la tasa de empresarios establecidos en el ecosistema de emprendimiento en santander mediante el uso y aprovechamiento de una plataforma web Tipo de trabajo presentado: Trabajo de grado/tesis en:  UNIVERSIDAD DE SANTANDER  programa académico Maestría en Gestión Pública y Gobierno  Nombre del orientado: Diana Marcela Flórez Díaz  

    Participación en comités de evaluación

  • Datos complementarios - Participación en comités de evaluación - Otra
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Comité Científico del VII Congreso Latinoamericano de Ingenieria Biomédica
    en:   

    Eventos científicos

    1 Nombre del evento: Hands on Research In Complex Systems School  Tipo de evento: Otro  Ámbito: Internacional  Realizado el:2009-01-01 00:00:00.0,    en São Paulo   - Sao Paulo - Brasil  
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:Universidade Federal do ABC - UFABC Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Organizador
    2 Nombre del evento: First EELA -2 Conference  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Internacional  Realizado el:2009-01-01 00:00:00.0,    en BOGOTÁ, D.C.   - Universidad de los Andes  
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD DE LOS ANDES Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Organizador
    3 Nombre del evento: III Congreso Colombiano de Bioingeniería e Ingeniería Biomédica  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Nacional  Realizado el:2008-01-01 00:00:00.0,    en PEREIRA   -  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Software para el procesamiento de señales EEG, ECG y EOG en pruebas de stroop Tipo de producto:Demás trabajos - Demás trabajos - Póster
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD TECNOLÓGICA DE PEREIRA Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Organizador
    4 Nombre del evento: I Congreso Internacional de Software Libre, Desarrollo Tecnológico y Sector Solidario  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Internacional  Realizado el:2007-01-01 00:00:00.0,    en BOGOTÁ, D.C.   -  
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:DANSOCIAL Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Organizador
    5 Nombre del evento: Summer Research Internship Program   Tipo de evento: Otro  Ámbito: Internacional  Realizado el:2010-06-08 00:00:00.0,  2010-08-10 00:00:00.0   en MEDELLÍN   - Newark/Delaware  
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:University Of Delaware Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Asistente
    6 Nombre del evento: Primer Congreso Colombiano de Biología Computacional  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Nacional  Realizado el:2011-03-23 00:00:00.0,    en BOGOTÁ, D.C.   - Bogotá  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Desarrollo de un proceso computacional para el diseño de medicamentos in silico aplicado al estudio de interacciones proteína-ligando Tipo de producto:Demás trabajos - Demás trabajos - Póster
    • Nombre del producto:Desarrollo de un proceso computacional para el diseño de medicamentos in silico aplicado al estudio de interacciones proteína-ligando Tipo de producto:Producción bibliográfica - Trabajos en eventos (Capítulos de memoria) - Completo
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:U Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Asistente
    7 Nombre del evento: VI Congreso Colombiano de Computación  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Nacional  Realizado el:2011-05-04 00:00:00.0,    en MANIZALES   - Manizales  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Development of a zoned genetic algorithm for semi-flexible protein-ligand docking in drug design Tipo de producto:Producción bibliográfica - Trabajos en eventos (Capítulos de memoria) - Completo
    • Nombre del producto:Development of a zoned genetic algorithm for semi-flexible protein-ligand docking in drug design Tipo de producto:Producción técnica - Presentación de trabajo - Ponencia
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA SEDE MANIZALES Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Ponente
    8 Nombre del evento: ISCB Latin America 2012 Conference on Bioinformatics  Tipo de evento: Otro  Ámbito: Internacional  Realizado el:2012-03-17 00:00:00.0,    en CALI   - Santiago de Chile  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Semi-flexible Protein-Ligand Docking Using a Controlled Genetic Algorithm Tipo de producto:Demás trabajos - Demás trabajos - Póster
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:International Society for Computational Biology Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Asistente
    9 Nombre del evento: 2° Congreso Colombiano de Biología Computacional y Bioinformática  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Nacional  Realizado el:2013-09-25 00:00:00.0,    en MANIZALES   - Manizales  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Classification of antimicrobial peptides by using the p-spectrum kernel and support vector machines Tipo de producto:Producción bibliográfica - Trabajos en eventos (Capítulos de memoria) - Completo
    • Nombre del producto:Analysis of structure and hemolytic activity relationships of antimicrobial peptides AMPs Tipo de producto:Producción bibliográfica - Trabajos en eventos (Capítulos de memoria) - Completo
    • Nombre del producto:Stability analysis of antimicrobial peptides in solvation conditions by molecular dynamics Tipo de producto:Producción bibliográfica - Trabajos en eventos (Capítulos de memoria) - Completo
    • Nombre del producto:Classification of antimicrobial peptides by using the p-spectrum kernel and support vector machines Tipo de producto:Producción técnica - Presentación de trabajo - Ponencia
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución: Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO Rol en el evento: Ponente
    • Nombre: DANIEL OSORIO Rol en el evento: Ponente
    • Nombre: JENNIFER RUIZ Rol en el evento: Ponente
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Ponente
    • Nombre: RODRIGO TORRES Rol en el evento: Ponente
    10 Nombre del evento: VII Congreso Latinoamericano de Ingeniería Biomédica  Tipo de evento: Congreso  Ámbito: Nacional  Realizado el:2016-10-26 00:00:00.0,  2016-10-28 00:00:00.0   en BUCARAMANGA   - Universidad Autónoma de Bucaramanga  
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:Asociación Colombiana Para El Avance De La Ciencia - Acac Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Organizador
    11 Nombre del evento: Falling Walls Lab   Tipo de evento: Otro  Ámbito: Internacional  Realizado el:2015-11-08 00:00:00.0,  2016-11-09 00:00:00.0   en Bernau bei Berlin   - Berlín - Alemania  
    Productos asociados
    • Nombre del producto:Breaking the wall of antibiotic resistance Tipo de producto:Producción técnica - Presentación de trabajo - Comunicación
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:Falling Walls Foundation Tipo de vinculaciónPatrocinadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Ponente
    12 Nombre del evento: I Simposio Regional de Neurociencias y Desarrollo de Nuevas Tecnologías  Tipo de evento: Simposio  Ámbito: Nacional  Realizado el:2017-09-09 00:00:00.0,  2017-09-09 00:00:00.0   en FLORIDABLANCA   - Universidad Autónoma de Bucaramanga  
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD AUTONOMA DE BUCARAMANGA Tipo de vinculaciónGestionadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Ponente
    13 Nombre del evento: I Simposio Regional de Enferemedades Infecciosas y Buenas Prácticas Clínicas  Tipo de evento: Simposio  Ámbito: Nacional  Realizado el:2017-11-10 00:00:00.0,  2017-11-11 00:00:00.0   en BUCARAMANGA   - Universidad de Santander  
    Instituciones asociadas
    • Nombre de la institución:UNIVERSIDAD DE SANTANDER Tipo de vinculaciónGestionadora
    Participantes
    • Nombre: NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL Rol en el evento: Asistente

    Generación de contenido virtual

    Nombre Contenidos virtuales del proyecto de investigación Docking molecular en la búsqueda de inhibidores potenciales de la oligomerización de alpha-sinucleína en la enfermedad de Parkinson  TipoProducción técnica - Contenido Virtual - Micrositio,  en 2018-06-01 00:00:00.0   disponible en http://biocom.udes.edu.co/alpha/   Descripción:En el micrositio web se pueden encontrar los resultados de docking molecular de las moléculas analizadas tanto con la alpha-sinucleína nativa, como cona las mutantes A30P, A53T y E46K.

    Artículos

  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • BEATRIZ OMAIRA PEDRAZA PICO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, HENRY ARGUELLO FUENTES, "Sistema de reconocimiento facial basado en imágenes con color" . En: Colombia 
    Uis Ingenierías  ISSN: 1657-4583  ed: Publicaciones Uis
    v.10 fasc.2 p.10 - ,2011,  DOI: 
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • JORGE A GUTIERREZ, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, NATHALIA ANDREA JONES CIFUENTES, CLAUDIA CRISTINA ORTIZ LOPEZ, JENNIFFER CRUZ LAITON, "Small gold nanocomposites obtained in reverse micelles as nanoreactors. Effects of surfactant, optical properties and activity against Pseudomonas aeruginosa" . En: Francia 
    New Journal of Chemistry  ISSN: 1144-0546  ed: Royal Society of Chemistry
    v.40 fasc.N/A p.10432 - 10439 ,2016,  DOI: 10.1039/c6nj02259f
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • YULY ANDREA PRADA VARGAS, FANNY GUZMAN QUIMBAYO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, PATRICIA ESCOBAR, CLAUDIA CRISTINA ORTIZ LOPEZ, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, ENRIQUE MEJIA OSPINO, "A new synthetic peptide with antibacterial potential in vitro against Escherichia coli O157:H7 and Methicilin resistant Staphylococcus aureus (MRSA)" . En: Estados Unidos 
    Probiotics and Antimicrobial Proteins  ISSN: 1867-1306  ed: Springer New York LLC
    v.8 fasc.3 p.134 - 140 ,2016,  DOI: 10.1007/s12602-016-9219-9
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • DANIEL OSORIO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, RODRIGO TORRES, "Peptides: A package for Data Mining of Antimicrobial Peptides" . En: Estados Unidos 
    R Journal  ISSN: 2073-4859  ed: R Foundation for Statistical Computing
    v.7 fasc.1 p.4 - 14 ,2015,  DOI: 10.32614/RJ-2015-001
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, RODRIGO TORRES, "Machine Learning in the Rational Design of Antimicrobial Peptides" . En: Países Bajos 
    Current Computer-Aided Drug Design  ISSN: 1573-4099  ed: Bentham Science Publishers
    v.10 fasc.3 p.183 - 190 ,2014,  DOI: 10.2174/1573409910666140624124807
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, WILLIAM ARMANDO ALVAREZ ANAYA, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, HERNAN GUILLERMO HERNANDEZ HINCAPIE, "Softepigen: Primers design web-based tool for MS-HRM technique" . En: Estados Unidos 
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  ISSN: 1545-5963  ed: IEEE Publications
    v.15 fasc.N/A p.1 - 6 ,2018,  DOI: 10.1109/TCBB.2018.2867600
  • Producción bibliográfica - Artículo - Revisión (Survey)
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, "Computer Aided Design of non-Toxic Antibacterial Peptides." . En: Emiratos Árabes Unidos 
    Current Topics in Medicinal Chemistry  ISSN: 1873-4294  ed: Bentham Science Publishers
    v.18 fasc.N.A. p.1 - 9 ,2018,  DOI: 10.2174/1568026618666180719163251
  • Producción bibliográfica - Artículo - Publicado en revista especializada
  • JENIFFER CRUZ LAITON, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, RODRIGO TORRES, MAURICIO URQUIZA MARTINEZ, FANNY GUZMAN QUIMBAYO, CLAUDIO ALVAREZ, MARIA A ABENGOZAR, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, LUIS RIVAS, ROBERTO FERNANDEZ LAFUENTE, CLAUDIA CRISTINA ORTIZ LOPEZ, "Design of Bactericidal Peptides Against Escherichia coli O157:H7, Pseudomonas aeruginosa and methicillin-resistant Staphylococcus aureus" . En: Emiratos Árabes Unidos 
    Medicinal Chemistry  ISSN: 1573-4064  ed: Bentham Science Publishers
    v.14 fasc.7 p.741 - 752 ,2018,  DOI:  10.2174/1573406414666180508120024

    Textos en publicaciones no científicas

  • Producción bibliográfica - Otro artículo publicado - Revista de divulgación
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, DANIEL ALFONSO SIERRA BUENO, RODRIGO TORRES, "Classification of antimicrobial peptides by using the p-spectrum kernel and support vector machines" En: Suiza. 2014. Advances In Intelligent Systems And Computing. ISSN: 2194-5365 p.155 - 158 v.232
  • Producción bibliográfica - Otro artículo publicado - Revista de divulgación
  • DANIEL OSORIO, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, RODRIGO TORRES, "Stability analysis of antimicrobial peptides in solvation conditions by molecular dynamics" En: Suiza. 2014. Advances In Intelligent Systems And Computing. ISSN: 2194-5365 p.127 - 130 v.232
  • Producción bibliográfica - Otro artículo publicado - Revista de divulgación
  • JENNIFER RUIZ, JHON CALDERON, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, RODRIGO TORRES, "Analysis of structure and hemolytic activity relationships of antimicrobial peptides (AMPs)" En: Suiza. 2014. Advances In Intelligent Systems And Computing. ISSN: 2194-5365 p.253 - 256 v.232

    Softwares

  • Producción técnica - Softwares - Computacional
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, HENRY ARGUELLO FUENTES, JUAN CARLOS MALDONADO BELTRAN, ESDRAS 1.0 - Software para el procesamiento de señales EKG, EEG, EOG obtenidas en pruebas de Stroop, Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2008,  .plataforma: Matlab,  .ambiente: Windows,
    Palabras:
    Electrocardiografía, Electroencefalografía, Electrooculografía, Transformada wavelet,
    Areas:
    Ingeniería y Tecnología -- Ingeniería Médica -- Ingeniería Médica,
    Sectores:
    Salud humana - Desarrollo de productos tecnológicos para la salud humana,
  • Producción técnica - Softwares - Computacional
  • EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, HIDDEN (HEURISTICS DIRECTED EVOLUTION), Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2018,  .plataforma: Linux, Python 3.5, Formato Txt para el ingreso de las secuencias de ADN.,  .ambiente: ,
    Palabras:
    Barajado de ADN, Modelos Heurísticos,
  • Producción técnica - Softwares - Computacional
  • EFRAIN HERNANDO PINZON REYES, NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, MUTPROT (MUTATION OF PROTEINS), Nombre comercial: , contrato/registro: , . En: Colombia,  ,2018,  .plataforma: Linux, Python 3.5, Formato Txt para el ingreso de la secuencia de aminoácidos de la proteína nativa.,  .ambiente: ,
    Palabras:
    Descriptores moleculares, Mutación de proteínas,

    Informes de investigación

  • Producción técnica - Informes de investigación
  • NYDIA PAOLA RONDON VILLARREAL, Informe Final de Proyecto . En: ,  ,2018, 

    Proyectos

    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Determinación de la Interacción molecular de la Kisspeptina10 y su receptor KissR asociado
    Inicio: Agosto  2018 Duración 
    Resumen

    En los últimos años, el diseño de medicamentos se ha visto altamente impactado debido al descubrimiento del fenómeno del agonismo tendencioso, en donde dependiendo de la molécula y la forma de unión a un blanco específico, la vía de señalización que se activa puede ser una u otra. Es por esto, que la función del sistema kisspeptina es de gran interés científico debido a su participación en diversos tipos de cáncer. En el presente proyecto, se propone hacer uso de herramientas computacionales que permitan estudiar las posibles interacciones moleculares que ocurren entre la kisspeptina10 y el receptor KissR con el objetivo de proponer posibles explicaciones de su agonismo tendencioso. Los resultados que se obtengan en el presente proyecto podrán ser de gran utilidad para aquellos científicos que trabajan en el diseño e identificación de moléculas que puedan ser agonistas tendenciosos del receptor KissR

    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Modelo Heurístico para asistir técnicas de barajado de ADN con genes Cry11 de Bacillus thuringiensis
    Inicio: Enero  2017 Fin: Julio  2018 Duración 
    Resumen

    Los modelos in silico descritos para simular procesos de evolución dirigida emplean parámetros que van desde el uso de la termodinámica (modelos estocásticos) hasta los que analizan las raíces comunes de la computación evolutiva y algoritmos genéticos (modelos heurísticos). En el caso de genes cry de Bacillus thuringiensis, el grupo de Biología Molecular y Biotecnología ha venido diseñando e implementando un modelo in silico empleando el método estocástico para ensamblar genes cry11 con la finalidad de construir proteínas con mayor actividad tóxica contra vectores del virus del Dengue y Chincungunya. Sin embargo, el comportamiento termodinámico-estructural sumado al papel de las estructuras secundarias de ADN de los genes cry11 en el modelo estocástico, no permite la inclusión de restricciones por lo que limita la profundidad en el análisis y su incidencia en la eficiencia de una librería genéticamente representativa. Como una primera aproximación, este proyecto se propone desarrollar un modelo heurístico para estudiar la incidencia de la formación de estructuras secundarias de ADN y la obtención de librerías que puedan ser comparadas con las obtenidas por el modelo estocástico, mediante la inclusión de restricciones. Para ello se desarrollarán algoritmos que se validarán mediante análisis in silico comparativo con resultados obtenidos mediante un modelo in silico estocástico. El modelo será de utilidad para caracterizar evolutivamente los genes cry11 para la búsqueda de patrones que influyen en la diversidad genética y por ende, crear proteínas con mayor potencial tóxico.

    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Caracterización de la actividad anticancerígena de Parasporinas producidas por diferentes cepas de Bacillus thuringiensis (Bt)
    Inicio: Abril  2018 Duración 
    Resumen

    Según la OMS en 2015 se le atribuyeron 8.8 millones de muertes a cáncer. En Colombia entre 2007-2011 se estimaron 148.670 casos de cáncer en hombres y 33.084 casos en mujeres, el cáncer colorrectal se considera como el segundo con más incidencia en la población. Las proteínas parasporales de Bt han sido descritas como potenciales en el control de la proliferación de células cancerígenas; se ha reportado actividad citotóxica PS2 para Caco-2, HeLa, MOLT-4. El laboratorio de Biología Molecular y biotecnología de la UDES, ha trabajado con proteínas Cry de Bt durante 14 años; que sustentan la experiencia para utilizar una proteína parasporal de Bt. Esta propuesta busca, determinar el efecto citotóxico de proteínas parasporales obtenidas de Bt sus mutantes y su actividad en modelos tumorales para cáncer de Colon en células tumorales y sus controles normales. Para lograrlo se partirá de la proteína PS2Aa, por información científica y análisis de bioinformática estructural se determinará regiones susceptibles a mutación, desarrollando una estrategia de mutagénesis con librería de fagos, posterior a esto se tamizarán aquellos mutantes de interés, se analizarán sus actividades citotóxicas, estimando CL50, se establecerá la viabilidad de las células, se medirá caspasa 3 y 7, ensayos con Anexina V y yoduro de propidio, análisis para determinar citotoxicidad, estudbios de interacción entre parasporina-receptor y por último la aplicación de herramientas de Biología estructural. Se espera obtener información preponderante de la relación estructura-función para la Parasporina 2Aa.

    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Docking molecular en la búsqueda de inhibidores potenciales de la oligomerización de alpha-sinucleína en la enfermedad de Parkinson
    Inicio: Agosto  2017 Fin: Julio  2018 Duración 
    Resumen

    Hoy en día se ha logrado identificar que la proteína α-sinucleína participa de forma determinante en el desarrollo de la enfermedad de Parkinson. Esta proteína actúa mediante un proceso de agregación denominado oligomerización y es el objetivo de esta investigación explorar mediante las técnicas de docking molecular un amplio conjunto de compuestos químicos, de los cuales se espera existan candidatos que logren inhibir dicho proceso. Como resultado de la investigación se obtendrán los mejores 10 compuestos químicos con potencial de uso farmacológico como neuroprotectores

    Tipo de proyecto: Investigación y desarrollo 
    Identificación de compuestos naturales con alta afinidad con alta afinidad con los blancos ZEB1/SOX2/Olig2 involucrados en el desarrollo de cáncer de cerebro
    Inicio: Agosto  2017 Duración 
    Resumen

    En la actualidad no existe un tratamiento contra el cáncer de cerebro que sea altamente efectivo y que esté enfocado en atacar las células madre cancerosas responsables de la generación, progreso y desarrollo de resistencia de los tumores cerebrales. Este proyecto de investigación busca identificar compuestos naturales que a nivel computacional utilizando, la técnica de docking molecular, muestren una alta afinidad con los blancos ZEB1/SOX2/Olig2 los cuales se cree están relacionados con la formación y desarrollo de estos tumores. Entre los resultados esperados de este proyecto se encuentran la identificación de posibles sitios activos para cada uno de los blancos y la selección de los 15 compuestos con los mejores valores de afinidad para cada uno de los blancos. Adicionalmente, los resultados de este proyecto servirán como insumo a futuros proyectos de investigación que busquen diseñar nuevas moléculas utilizando la información de los posibles sitios activos y los compuestos que presentaron gran afinidad, y proyectos en la parte experimental que permitan corroborar los valores de afinidad obtenidos en la parte computacional.